Os resíduos da produção animal são, na sua maioria, dejetos. Os dejetos são constituídos por fezes, urina, água desperdiçada pelos bebedouros e de higienização, resíduos de ração, pêlos, poeiras e outros materiais decorrentes do processo criatório.
Os resíduos gerados em uma unidade de produção animal podem ser:
O lançamento de grandes quantidades de dejetos em rios e lagos pode levar a sério desequilíbrio ecológico e poluição, em função da redução do teor de oxigênio dissolvido na água, devido a alta demanda bioquímica de oxigênio (DBO) e da carga orgânica integrante.
Na espécie suína, por exemplo, a composição química média de resíduos líquidos (sólido + urina) não decompostos é de 0,60% Nitrogênio, 0,25% Fósforo e 0,12% potássio. Sendo encontrado, ainda, cálcio, cloro, enxofre, sódio, entre outros.
Os agentes causais de quase todas as doenças infecciosas são excretados direta ou indiretamente pelo animal infectado. Alguns patógenos são excretados por animais clinicamente sadios, aqueles que possuem infecção latente e nos casos de doenças multifatoriais e, em muitos casos os patógenos deixam o corpo do animal com as fezes, sendo encontrados nos dejetos.
Dentre os problemas provocados pelo despejo de efluentes de animais nos rios, estão as doenças causadas por coliformes, a salmonelose e hepatite, entre outras. Alguns coliformes, como a Escherichia coli, manifestam certa patogenicidade para pessoas adultas e animais, podendo ser fatal para crianças. Entre os agentes disseminados pelos dejetos e que podem afetar diferentes espécies animais, a Salmonella sp. parece ser um dos mais importantes.