O tratamento de dejetos orgânicos usualmente está dividido em três categorias: físico, biológico e químico. A escolha do processo a ser adotado dependerá de fatores como: características do dejeto e do local, operação e recursos financeiros além de atender a legislação ambiental vigente.
A degradação biológica é um processo natural, uma vez que os dejetos são um excelente substrato para os microorganismos. Os sistemas podem tratar dejetos líquidos ou sólidos; podem ser aeróbios, anaeróbios ou facultativos; pode ser em estrutura confinada ou livre sobre o solo.
Nos sistemas de tratamento de dejetos é importante a remoção, particularmente, de compostos de fósforo e sais de nitrogênio, promotores da eutrofização.